由于發酵罐功能的強大，其主要應用于三個領域：食物工業、醫藥工業、環境科學。在食物工業上，發酵罐常用于三大類商品，一是出產傳統的發酵商品，如啤酒、果酒、食醋等;二是出產食物添加劑;三是協助解決糧食疑問。
在醫藥工業上，根據發酵工程技能，開發了品種繁復的藥品，如人類生長激素、重組乙肝疫苗、某些品種的單克隆抗體、白細胞介素-2、抗血友病因子等。在環境科學上，主要應用于污水處理中微生物的強化。微生物發酵的興起帶動發酵罐需求的增加，在科技的前進中發酵罐的效果在不斷改變，不僅提高了安全性，也逐漸深入到人們的日常生活中。
為了保證安全性，發酵罐有著嚴格的要求。其結構需嚴密，要經得起蒸汽的反復滅菌。此外，內壁還需光滑，耐腐蝕性能也應具備，這樣才能有利于徹底滅菌，減小金屬離子對生物反應的影響。優質的發酵罐要有良好的氣、液、固接觸和混合性能，有與高效的熱量、質量、動量傳遞性能;在保持生物反應要求的前提下，降低發酵罐能耗;有良好的熱量交換性能，以維持生物反應的最適溫度;還要有可行的管路比例和儀表控制，以適用于滅菌操作和自動化控制。
提到滅菌，在日常使用中，想要對發酵罐進行一個徹底全方位的消毒是非常困難的。為了保證工作質量，發酵罐該如何達到滅菌標準呢?專注于發酵罐制造與技術研發的江蘇弗盧德流體設備有限公司給行業人士分享了以下經驗。
想要徹底進行消毒滅菌處理，首先就需要將與發酵罐相結合的空氣過濾器用蒸汽進行滅菌，然后再用空氣吹干。在罐內進行滅菌處理后，再將發酵罐輸料管里面長期累積的污水放掉并洗凈。尤其是進行滅菌工作的時候，罐內的各個排氣部件需要暢通。需要注意的是，每個排氣孔的排氣量不能過大，一切應以節約用氣量為主。最后等到發酵罐內部的壓力低于空氣壓力的時候，向發酵罐內直接輸入無菌空氣，如此一來就能夠達到徹底消毒滅菌的要求。
